HostSeq: la première banque de données génomiques et cliniques en son genre au Canada

Introduction

L’infographie à orientation verticale décrit la banque de données HostSeq. Dirigée par CGEn, plateforme nationale canadienne de séquençage et d’analyse des génomes, HostSeq a été établie en 2020 avec l’aide du gouvernement fédéral et dans le cadre du Réseau canadien de génomique COVID-19 (RCanGéCO) de Génome Canada. HostSeq repose sur les résultats de 15 études de recherche sur la COVID-19 pour séquencer le génome de plus de 10 000 patients canadiens atteints de la COVID-19 et recueillir de l’information clinique sur ceux-ci en vue de comprendre le rôle du génome hôte à la maladie et à d’autres problèmes de santé.

Sous le texte d’introduction se trouve une carte du Canada remplie de points bleus représentant des participants de partout au pays. Trois cercles indiquent les pôles de CGEn situés à Vancouver, Toronto et Montréal.

À droite de la carte se trouve un compte rendu de la structure et des réalisations de HostSeq. Les renseignements suivants sont présentés :

• 15 études : diverses études sur la COVID-19 menées dans 10 établissements canadiens et ayant contribué à HostSeq
• Plus de 10 000 participants : provenant de partout au Canada
• 50 employés : personnel dans les trois pôles de CGEn
• Plus de 1 000 téraoctets de données : données produites dans les trois pôles de CGEn
• 18 publications : publications de recherche rendues possibles grâce à HostSeq (à ce jour)

Des lignes relient les trois pôles de CGEn à un grand cercle central intitulé « Banque de données HostSeq ». À l’intérieur du cercle se trouvent deux colonnes superposées portant respectivement les mentions « Données cliniques » et « Séquences du génome entier ». Autour des colonnes figure le texte suivant : « Plus de 10 000 enregistrements, consentement élargi et ensemble de données canadien diversifié. »

Des lignes relient le cercle central à cinq cercles plus petits qui décrivent l’utilisation de la banque de données :

• 24 projets de recherche sur la COVID-19 utilisant les données de HostSeq à ce jour
• Collaboration internationale dans le cadre de la COVID-19 Host Genetics Initiative (HGI)
• Première cohorte de la Bibliothèque pancanadienne du génome humain
• 12 projets de recherche dans d’autres domaines de la santé utilisant les données de HostSeq
• Plus de 125 chercheurs et stagiaires analysent les données de HostSeq à ce jour

Sur le côté droit de l’infographie se trouvent trois encadrés bleus.

Le premier encadré est intitulé « Première ressource de données génomiques en santé accessibles au Canada ». L’encadré indique que le modèle de consentement de HostSeq permet l’enrichissement futur des données grâce au couplage de données et à la reprise de contact avec les participants.

Le deuxième encadré est intitulé « Un plan pour un programme canadien de génomique à grande échelle ». L’encadré explique que la plateforme CGEn a démontré qu’elle possède les capacités nécessaires et qu’elle a institué des cadres de gouvernance des données, de consentement et d’inscription aux études afin de réaliser des initiatives de génomique à l’échelle de la population.

Le troisième encadré est intitulé « Retombées ». Il met en évidence trois domaines :

• Médecine de précision : utilisation de données canadiennes pour découvrir de nouveaux marqueurs génétiques afin d’orienter les traitements personnalisés
• Préparation à la prochaine pandémie : infrastructure de données réutilisable pour repérer les marqueurs génétiques qui influencent la susceptibilité, la gravité et les résultats cliniques
• Positionnement international : permettre au Canada de contribuer aux initiatives mondiales en génomique

Au bas de l’infographie figure la mention « En savoir plus : CGEn’s HostSeq Databank (en anglais seulement) ».